MAUSOLEO Y MONUMENTOS

A escondidas, sin los honores a los que tenía derecho como ex presidente de la República y general del Ejército, los irreconocibles restos del presidente Alfaro y sus tenientes fueron enterrados en un cementerio público de Quito. En el acta de defunción se anotó como causa de muerte que "lo había matado el pueblo". El acta no registra peritaje médico alguno y tomando en cuenta que según Gangotena, en la misma pira se quemó a Alfaro y Luciano Coral, hasta quedar irreconocibles, no hay certeza de que se hayan podido identificar sus restos debidamente, a diferencia de otros de los martirizados cuyos cuerpos no fueron totalmente quemados por falta de suficiente combustible. 

En los años 40 del siglo XX se trasladaron las que se cree son sus cenizas hacia Guayaquil, en cuyo Cementerio General se levantó un Mausoleo, con un busto de bronce. Durante la presidencia de Rafael Correa Delgado, en 2008, parte de las supuestas cenizas del Viejo Luchador fueron retiradas y trasladadas con honores militares al complejo llamado Ciudad Alfaro, en la población manabita de Montecristi, su tierra natal, que también albergó a la Asamblea Constituyente de 2008. El Mausoleo, decorado con murales, contiene lo que se supone son las cenizas de Alfaro en una urna. La celda del Penal García Moreno donde fue asesinado nunca más fue ocupada. Actualmente hay un busto de Alfaro en ella. En las principales ciudades ecuatorianas hay calles y avenidas en honor a Alfaro. 

La avenida Eloy Alfaro es una de las principales de Quito. En la capital se levanta también un obelisco que señala un lugar muy cercano al real, en el cual la turba quemó los despojos del presidente Alfaro y sus tenientes, probablemente en el sitio que Gangotena señaló como la pira número uno. El obelisco, pintado de rojo, está coronado por una antorcha en el centro del parque de El Ejido. El obelisco tiene una placa que dice "Martirio y glorificación de Alfaro, 28 de enero de 1912". En frente del obelisco, el alcalde Paco Moncayo hizo levantar una estatua de Alfaro. Cada 5 de junio, aniversario de la Revolución, los colegios públicos de Quito le rinden homenaje, depositando ofrendas florales. También realizan una ceremonia en su memoria las logias masónicas de la capital. En Guayaquil, un gran monumento levantado a mediados del siglo XX recuerda al general Alfaro, y lo muestra liderando la Revolución liberal.